探究普拉德-威利综合征的根源，需关注15号染色体特定区域的基因功能缺失。正常情况下，人体拥有来自父母双方的15号染色体拷贝，其中父源拷贝上的特定基因具有活性。这种与染色体来源相关的基因激活机制，即基因组印记，是理解此病的关键。多数病例(约70%)源于父源15号染色体片段的缺失，导致父源拷贝基因缺失，母源拷贝基因失活，使得该区域基因功能无法正常发挥。另有25%的病例是由于患者15号染色体全部来自母源（母源单亲二倍体）。少数情况则与染色体重组易位或其他变异、缺陷相关，导致父源15号染色体上基因异常失活。对于考虑代怀孕或代生的家庭，了解这些遗传基础尤为重要。

该综合征的部分典型症状被认为与15号染色体上特定基因功能丧失有关，这些基因编码的核仁小RNA参与调控其他RNA分子，对蛋白质合成及细胞活动至关重要。特别是SNORD116基因族群的缺失，与患者的智障、行为障碍及部分躯体症状的出现密切相关，但具体机理仍在研究中。部分患者罕见的白皮肤和浅色头发可能与OCA2基因的缺失有关，该基因的缺失并不必然引发全部典型症状。OCA2基因合成的蛋白对皮肤、头发和眼睛颜色起决定性作用。研究人员仍在深入探讨15号染色体其他基因的缺失或变异对患者主要症状的影响。对于寻求代怀服务的家庭，理解这些基因层面的信息有助于做出更明智的决定，例如关注怎样找代怀的专业机构。

研究人员推测，SNORD116基因族群的缺失与普拉德-威利综合征患者的智障、行为障碍及部分躯体症状有关，关于代怀孕套餐的选择，了解这些潜在的遗传风险是必要的。例如，一些代怀龙凤胎的咨询中，也会涉及到对可能遗传疾病的筛查和评估。